| 10101 | ハートランドフェリー | 稚内～利礼島（鴛泊）～礼文（香深） | - | アマポーラ宗谷, サイプリア宗谷, ボレアース宗谷 |
| 10102 | ハートランドフェリー | 利礼島（沓形）～礼文（香深） | - | アマポーラ宗谷, サイプリア宗谷, ボレアース宗谷 |
| 10103 | オクシリアイランドフェリー | 江差～奥尻島 | - | カランセ奥尻 |
| 10104 | オクシリアイランドフェリー | 瀬棚～奥尻島 | 運航休止 | - |
| 10201 | 羽幌沿海フェリー | 羽幌～焼尻島～天売島 | - | おろろん2, さんらいなぁ2 |
| 10301 | 津軽海峡フェリー | 函館～大間 | - | 大函丸 |
| 10302 | 津軽海峡フェリー | 函館～青森 | - | ブルードルフィン, ブルーマーメイド, ブルーハピネス |
| 10303 | 津軽海峡フェリー | 室蘭～青森 | - | ブルーグレイス |
| 10401 | 青函フェリー | 函館～青森 | - | はやぶさⅢ, はやぶさⅡ, はやぶさ, あさかぜ21 |
| 10501 | 新日本海フェリー | 舞鶴～小樽 | - | けやき, あかしあ |
| 10502 | 新日本海フェリー | 敦賀～苫小牧 | - | すずらん, すいせん, はまなす, あかしあ |
| 10503 | 新日本海フェリー | 敦賀～新潟～秋田～苫小牧 | - | らいらっく, ゆうかり |
| 10504 | 新日本海フェリー | 新潟～小樽 | - | らべんだあ, あざれあ |
| 10601 | 洞爺湖汽船 | 洞爺湖 遊覧船 | 冬季は中島下船不可 | エスポアール, 羊蹄 |
| 10701 | 阿寒湖観光汽船 | 阿寒湖 遊覧船 | 4月～11月 | - |
| 10801 | 別海町観光開発公社 | 別海町観光船 トドワラコース | - | パワードリーム号 |
| 10802 | 別海町観光開発公社 | アサリの潮干狩り | 5月～7月 | レインボー号 |
| 10901 | 小樽観光振興公社 | 小樽～祝津 | 4月～10月 | あおばと |
| 20101 | 川崎近海汽船 | 八戸～苫小牧 | - | シルバープリンセス, シルバーティアラ, シルバーブリーズ, シルバーエイト |
| 20102 | 川崎近海汽船 | 室蘭～八戸～宮古 | 運航休止 | - |
| 20201 | むつ湾フェリー | 蟹田～脇野沢 | 4月～11月 | かもしか |
| 20301 | 仏ヶ浦海上観光 | 佐井～仏ヶ浦 | 5月～10月 | ニューしもきた, ニューしもきたⅡ, ニューしもきたⅢ, ニューしもきたⅤ |
| 20401 | むつ市 | 下北半島西岸航路（脇野沢～仏ヶ浦） | 4月～10月 | 夢の平成号 |
| 20402 | むつ市 | 下北半島回遊航路（脇野沢～鯛島） | 7月～10月 | 夢の平成号 |
| 20501 | 坂井幸人 | 牛滝～仏ヶ浦 | 運航休止 | 夢の海中号 |
| 20601 | 十和田観光電鉄 | 十和田湖遊覧船（休屋～子ノ口） | 4月～11月 | 第一八甲田, 第二八甲田, 第三八甲田, 第一観光丸 |
| 30101 | 岩手県北自動車 | 出崎ふ頭～浄土ヶ浜 | - | 宮古うみねこ丸 |
| 30201 | げいび観光センター | 猊鼻渓舟下り | - | - |
| 40101 | シーパル女川汽船 | 女川～江島 | - | しまなぎ |
| 40201 | 網地島ライン | 石巻～田代島～網地島～鮎川 | - | シーキャット, マーメイドⅡ |
| 40301 | 金華山フェリー | 鮎川～金華山 | - | ドリーム |
| 40401 | 金華山観光クルーズ | 鮎川～金華山 | - | ホエール |
| 40501 | 潮プランニング | 女川～金華山 | - | アルティア, ベガ |
| 40601 | 塩竈市 | 塩竈～柱島～野々島～寒風沢島～朴島 | 市営汽船 | うらと, しおね, しおじ |
| 40602 | 塩竈市 | 野々島～桂島 | 島内間渡船 | すずかぜ |
| 40603 | 塩竈市 | 野々島～寒風沢島 | 島内間渡船 | 第一うしお丸 |
| 40604 | 塩竈市 | 寒風沢島～朴島 | 島内間渡船 | 第一うしお丸 |
| 40701 | 丸文松島汽船 | 遊覧船 芭蕉コース | - | 第二芭蕉丸, 第三芭蕉丸, あおば, あすか |
| 40702 | 丸文松島汽船 | 遊覧船 奥松島・大高森コース | 要予約・不定期 | - |
| 40801 | 東松島観光物産公社 | 松島～奥松島 | 奥松島嵯峨渓遊覧船、日曜日運航 | 第二嵯峨, 第五嵯峨, 嵯峨みらい |
| 50101 | 羽後交通興業 | 田沢湖遊覧船 | 4月～11月 | 高速艇たざわ |
| 60101 | 酒田市 | 酒田～飛島 | - | とびしま |
| 60201 | 最上峡芭蕉ライン観光 | 芭蕉ライン | - | - |
| 80101 | 取手市 | 小堀～取手 | 小堀の渡し | とりで号 |
| 80201 | ラクスマリーナ | 霞ヶ浦広域サイクルーズ | 春・秋の数日程度 | ホワイトアイリス |
| 90101 | 東武興業 | 中禅寺湖遊覧船 中禅寺湖一周コース | 4月中旬～11月 | 男体, けごん |
| 90102 | 東武興業 | 中禅寺湖遊覧船 千手ヶ浜コース | 不定期便 | 男体, けごん |
| 100101 | 群馬県千代田町 | 赤岩～葛和田 | 赤岩渡船 | 千代田丸, 新千代田丸 |
| 120101 | 仁右衛門島 | 浜波太漁～仁右衛門島 | - | - |
| 120201 | 矢切渡船 | 矢切～柴又 | 矢切の渡し | - |
| 130101 | 東海汽船 | 東京～大島～利島～新島～式根島～神津島 | - | さるびあ丸, セブンアイランド結, セブンアイランド愛, セブンアイランド友, セブンアイランド大漁 |
| 130102 | 東海汽船 | 東京～三宅島～御蔵島～八丈島 | - | 橘丸 |
| 130103 | 東海汽船 | 熱海～大島～神津島 | - | セブンアイランド結, セブンアイランド愛, セブンアイランド友, セブンアイランド大漁 |
| 130104 | 東海汽船 | 熱海～伊東～大島 | 季節運航 | セブンアイランド結, セブンアイランド愛, セブンアイランド友, セブンアイランド大漁 |
| 130105 | 東海汽船 | 伊東～大島 | 季節運航 | セブンアイランド結, セブンアイランド愛, セブンアイランド友, セブンアイランド大漁 |
| 130106 | 東海汽船 | 東京～館山～大島 | 季節運航 | セブンアイランド結, セブンアイランド愛, セブンアイランド友, セブンアイランド大漁 |
| 130107 | 東海汽船 | 東京～久里浜～大島 | 季節運航 | セブンアイランド結, セブンアイランド愛, セブンアイランド友, セブンアイランド大漁 |
| 130201 | 神新汽船 | 下田～利島～新島～式根島～神津島～下田 | - | フェリーあぜりあ |
| 130301 | 小笠原海運 | 竹芝～父島 | - | おがさわら丸 |
| 130401 | 伊豆諸島開発 | 八丈島～青ヶ島 | - | くろしお丸 |
| 130402 | 伊豆諸島開発 | 父島～母島 | - | ははじま丸 |
| 130501 | 商船三井さんふらわあ | 大洗～苫小牧 | - | さんふらわあ さっぽろ, さんふらわあ ふらの, さんふらわあ かむい, さんふらわあ ぴりか |
| 130502 | 商船三井さんふらわあ | 大阪～別府 | - | さんふらわあ くれない, さんふらわあ むらさき |
| 130503 | 商船三井さんふらわあ | 神戸六甲アイランド～大分 | - | さんふらわあ ごーるど, さんふらわあ ぱーる |
| 130504 | 商船三井さんふらわあ | 大阪～志布志 | - | さんふらわあ さつま, さんふらわあ きりしま |
| 130601 | 新島村 | 新島～式根島 | - | にしき |
| 130701 | 東京都観光汽船 | TOKYO CRUISE | - | - |
| 130702 | 東京都観光汽船 | HIMIKO(豊洲経由) | - | ヒミコ |
| 130703 | 東京都観光汽船 | 東京ビックサイト・パレットタウン | 休止中 | - |
| 130801 | 東京水辺ライン | 東京水辺ライン 浅草・お台場クルーズ | 休止中 | - |
| 130802 | 東京水辺ライン | 東京水辺ライン 特別ゆらぶら便 | 休止中, 不定期運航 | - |
| 130901 | 観光汽船興業 | Have Fun Nihonbashi e-LINER | 火・水・木・金曜日 | Nihonbashi e-LINER |
| 131001 | 東京湾クルージング | 舟旅通勤 BLUE FERRY（晴海五丁目～日の出） | 火・木曜日 | エスエス 3世, エスエス NANO2 |
| 131101 | ジール | 舟旅通勤（五反田～天王洲アイル） | 月～金曜日 | カノン, ルーク, 月乃舟 |
| 140101 | 東京湾フェリー | 金谷～久里浜 | - | かなや丸, しらはま丸 |
| 140201 | トライアングル | 横須賀～猿島 | - | NEW KUROFUNE, Sea Friend 8, Sea Friend ZERO |
| 140202 | トライアングル | 浦賀西～浦賀東 | 浦賀の渡船 | 愛宕丸 |
| 140203 | トライアングル | 第二海堡上陸ツアー | ツアー会社経由 | - |
| 140301 | 三崎マリンセンター | 三崎～城ヶ島 | 城ヶ島渡船 | さんしろ |
| 140401 | ポートサービス | 横浜 シーバス | - | シーバス５号, シーバスZERO, シーバスACE |
| 140501 | 京浜フェリーボート | 横浜 水上バス | 運休中 | - |
| 140601 | ケーエムシーコーポレーション | みなとみらい～羽田 | - | Jet sailor |
| 140701 | 藤沢市観光センター | 片瀬海岸～江の島 | べんてん丸 | べんてん丸 |
| 140801 | 箱根遊船 | 箱根関所跡～元箱根～箱根園～湖尻 | - | SORAKAZE, 大茶会 |
| 140802 | 箱根遊船 | 九頭龍神社参拝船 | 毎月13日運航 | SORAKAZE, 大茶会 |
| 140901 | 箱根観光船 | 桃源台～箱根町～元箱根 | - | クイーン芦ノ湖, ロワイヤルⅡ, ビクトリー |
| 150101 | 佐渡汽船 | 新潟～佐渡島（両津） | - | ときわ丸, おけさ丸, ぎんが, つばさ, すいせい |
| 150102 | 佐渡汽船 | 直江津～佐渡島（小木） | 3月～11月 | こがね丸 |
| 150201 | へぐら航路 | 輪島～舳倉島 | 運休中 | 希海 |
| 150301 | 粟島汽船 | 岩船～粟島 | - | フェリーニューあわしま, awaline きらら |
| 150401 | 信濃川ウォーターシャトル | シャトル便 | - | アナスタシア号, ベアトリス号 |
| 150501 | 奥只見観光 | 銀山平コース | 10月～11月運航 | ファンタジア号, おぜ号, 新はっさき丸, しおり丸 |
| 150502 | 奥只見観光 | 尾瀬口コース | 6月～10月運航 | おぜ号, 新はっさき丸, しおり丸 |
| 160101 | 富山県 | 越ノ潟～堀岡 | 越ノ潟フェリー | こしのかた, 海竜 |
| 160201 | 関西電力 | 平の小屋～針の木谷 | 平の渡し、6月～10月 | - |
| 160301 | 富岩船舶 | 富岩運河観水公園～岩瀬カナル会館 | 富岩水上ライン | fugan, sora, kansui, もみじ |
| 160401 | 庄川遊覧船 | 小牧～大牧 | 庄川峡遊覧船 | やまぶき, クルーズ庄川, はやぶさ丸 |
| 160501 | 新湊観光船 | 富山新港遊覧航路 | 冬季休業 | - |
| 190101 | 富士五湖汽船 | 大石公園ライン | - | アンソレイユ号 |
| 200101 | 野尻湖定期船 | 野尻湖 観光船 | 季節運航 | 雅, 第三野尻湖丸 |
| 200201 | 天龍ライン遊舟 | 天龍峡温泉～唐笠 | 天竜ライン下り | - |
| 210101 | 岐阜市 | 一日市場～鏡島 | 小紅の渡し | - |
| 220101 | 富士急マリンリゾート | 熱海～初島 | - | イルドバカンス3世号, イルドバカンスプレミア |
| 220201 | 富士山清水港クルーズ | 清水～土肥 | 駿河湾フェリー | 富士 |
| 220202 | 富士山清水港クルーズ | 日の出～江尻～三保 | 清水港水上バス | - |
| 220203 | 富士山清水港クルーズ | 江尻～日の出～塚間 | 清水港水上バス | - |
| 220301 | 千鳥観光汽船 | 沼津～大瀬 | 季節運航 | - |
| 220302 | 千鳥観光汽船 | 三津～大瀬 | 季節運航 | - |
| 220401 | 静岡市 | 井川ダム～大村 | 井川湖渡船(ダム航路)・季節運航 | 赤石丸 |
| 220402 | 静岡市 | 大村～宮向 | 井川湖渡船(宮向航路) | 赤石丸 |
| 220501 | 浜名湖遊覧船 | かんざんじ～フラワーパーク～みっかび瀬戸 | - | - |
| 220601 | ヒリゾ浜渡し組合 | 中木～ヒリゾ浜 | 季節運航 | - |
| 220701 | 沼津我入道漁業協同組合 | 我入道の渡し | 季節運航 | - |
| 220801 | 淡島マリンパーク | 重寺岸壁～離宮桟橋 | - | アワシマ13号, アワシマ15号, アワシマ16号 |
| 220901 | 葉山マリーナー | 葉山・江の島 マリンルート134 | - | FALCON |
| 221001 | 湘南マリーナ | 大磯・江の島SHONANマリンルート | - | - |
| 221002 | 湘南マリーナ | 大磯・真鶴SHONANマリンルート | - | - |
| 230101 | 太平洋フェリー | 名古屋～仙台～苫小牧 | - | いしかり, きそ, きたかみ |
| 230201 | 名鉄海上観光船 | 師崎～篠島～日間賀島～師崎 | - | - |
| 230202 | 名鉄海上観光船 | 河和～日間賀島～篠島～伊良湖 | - | - |
| 230203 | 名鉄海上観光船 | 師崎～日間賀島 | - | しまゆり |
| 230301 | 西尾市 | 一色～佐久島 | - | 第三さちかぜ, はまかぜ |
| 230401 | 蒲郡観光汽船 | 蒲郡～三河大島 | 季節運航 | - |
| 230501 | 東山ガーデン | クルーズ名古屋 中川運河ライン | - | スーパーコメット |
| 230502 | 東山ガーデン | クルーズ名古屋 トリトンライン | - | 東山ガーデン1 |
| 230601 | 神島観光汽船 | 伊良湖～神島 | - | かみしま |
| 230701 | 西三河漁業協同組合 | 吉良～梶島 | 季節運航 | - |
| 230801 | 豊橋市 | 牛川町～大村町 | 牛川の渡船 | ちぎり丸 |
| 240101 | 伊勢湾フェリー | 鳥羽～伊良湖 | - | 鳥羽丸, 伊勢丸, 知多丸 |
| 240201 | 津エアポートライン | 津～中部国際空港 | - | フェニックス カトレア |
| 240301 | 鳥羽市 | 鳥羽～坂手島 | - | - |
| 240302 | 鳥羽市 | 鳥羽～答志島（和具・答志） | - | - |
| 240303 | 鳥羽市 | 鳥羽～答志島（桃取） | - | - |
| 240304 | 鳥羽市 | 鳥羽～菅島 | - | - |
| 240305 | 鳥羽市 | 鳥羽～神島 | - | - |
| 240401 | 志摩マリンレジャー | 鳥羽～日向島 | - | 龍宮城, フラワーマーメイド, みつしま |
| 240402 | 志摩マリンレジャー | 賢島～間崎島～和具 | - | おくしま, おおさき |
| 240501 | 志摩市 | 的矢～三ヶ所～渡鹿野島 | 運航日注意、県道船 | - |
| 240601 | 大東丸観光 | 和部～渡鹿野島 | - | - |
| 240701 | 石山荘 | 賢島～横山島 | 営業日注意 | - |
| 240801 | 旧大杉村再生協議会 | 登山道連絡船 | 4月～11月 | 望郷丸 |
| 240901 | 三瀬の渡し保存会 | 三瀬の渡し | 土日運航 | - |
| 250101 | 沖島通船 | 堀切～沖島 | - | おきしま |
| 250201 | オーミマリン | 彦根～竹生島 | - | - |
| 250202 | オーミマリン | 彦根～多景島 | 冬季運休 | - |
| 250203 | オーミマリン | 彦根～海津大崎 | 季節運航 | - |
| 250204 | オーミマリン | 色ヶ浜桟橋（浦底桟橋）～水島 | 季節運航 | - |
| 250301 | 琵琶湖汽船 | ミシガンクルーズ | - | ミシガン |
| 250302 | 琵琶湖汽船 | 竹生島クルーズ | - | いんたーらーけん, リオグランデ, べんてん |
| 250303 | 琵琶湖汽船 | ぐるっとびわ湖島めぐり | 5～11月 土日運航 | - |
| 250401 | 杢兵衛造船所 | LAGOクルーズ（大津港～におの浜観光桟橋） | - | 一番丸 |
| 250402 | 杢兵衛造船所 | LAGOクルーズ（草津烏丸半島港～におの浜観光桟橋） | - | ゆりきゃも |
| 250403 | 杢兵衛造船所 | 琵琶湖博物館クルーズ（おごと温泉港～草津烏丸半島港） | - | 四季 |
| 260101 | 丹後海陸交通 | 天橋立観光船 | - | KAMOME 7, かもめ12号, かもめ11号, かもめ3号 |
| 260201 | 保津川遊船企業組合 | 保津川下り | - | - |
| 260301 | びわ湖疏水船 | 大津～山科～蹴上 | 10～12月運航 | めいじ号, へいせい号, れいわ号, へいわ号 |
| 260302 | びわ湖疏水船 | 三井寺～山科～蹴上 | 10～12月運航 | めいじ号, へいせい号, れいわ号, へいわ号 |
| 270101 | 名門大洋フェリー | 大阪～新門司 | - | フェリーきょうと, フェリーふくおか, フェリーおおさかⅡ, フェリーきたきゅうしゅうⅡ |
| 270301 | キャプテンライン | 海遊館西はとば～ユニバーサルシティポート | - | - |
| 270401 | 大阪市営渡船 | 築港～桜島 | 天保山渡船場 | - |
| 270402 | 大阪市営渡船 | 泉尾～福崎 | 甚兵衛渡船場 | - |
| 270403 | 大阪市営渡船 | 北恩加島～鶴町 | 千歳渡船場 | - |
| 270404 | 大阪市営渡船 | 千島～北津守 | 落合上渡船場 | - |
| 270405 | 大阪市営渡船 | 平尾～津守 | 落合下渡船場 | - |
| 270406 | 大阪市営渡船 | 南恩加島～南津守 | 千本松渡船場 | - |
| 270407 | 大阪市営渡船 | 鶴町～船町 | 船町渡船場 | - |
| 270408 | 大阪市営渡船 | 船町～平林北 | 木津川渡船場 | - |
| 270501 | 深日洲本ライナー | 深日～淡路島（洲本） | 期間限定（2022～2024年） | - |
| 270601 | 大阪水上バス | 大阪城港～湊町船着場 | 期間限定 | - |
| 270602 | 大阪水上バス | アクアライナー | - | - |
| 270701 | 一本松海運 | 落語家と行くなにわ探検クルーズ（川のゆめ咲線コース） | - | きらり号, ほたる号 |
| 280101 | ジャンボフェリー | 神戸～小豆島（坂手）～高松 | - | あおい, りつりん２ |
| 280201 | こうべ未来都市機構 | 神戸空港～関西空港 | - | umi, sora |
| 280301 | 淡路ジェノバライン | 明石～淡路島（岩屋） | - | まりん・あわじ, まりーんふらわあ2, レットスター2, ジェノバⅠ |
| 280401 | 沼島汽船 | 淡路島（土生）～沼島 | - | しまかぜ , しまちどり |
| 280701 | 坊勢輝汽船 | 姫路～男鹿島～坊勢島 | - | はるか, ぼうぜ２, クイーンぼうぜ |
| 280801 | 輝観光 | 坊勢島～西島 | いえしま自然体験センター | - |
| 280901 | 坊勢渡船 | 坊勢島～家島（網手） | - | あーす |
| 281001 | 姫路市家島事務所 | 家島～男鹿島 | 暫定連絡船・日曜運休 | いえしま |
| 281101 | 玄武洞観光 | 玄武洞駅～玄武洞 | 牛川の渡船・予約制 | - |
| 281201 | 成ヶ島渡船事務所 | 由良～成ヶ島 | 成ヶ島渡船、金土日月・祝日運航 | - |
| 281301 | 家島ライナー | 姫路～家島 | - | 家島ライフ, 高福ライナー, まうら, まうらⅡ |
| 300101 | 南海フェリー | 和歌山～徳島 | - | フェリーあい, フェリーかつらぎ |
| 300201 | 友ヶ島汽船 | 加太～友ヶ島 | 水曜運休 | - |
| 300301 | 安居の渡し保存会 | 安居の渡し | 土曜・日曜・祝日運航 | - |
| 300401 | 初島渡船企業組合 | 初島～地ノ島 | 南村渡船、3～11月毎日運航、12〜2月平日運航、ツアー予約制 | - |
| 300501 | ホテル浦島 | ホテル浦島専用送迎船 | - | 浦島丸 |
| 300601 | 紀の松島観光 | 紀の松島めぐり | - | - |
| 320101 | 隠岐汽船 | 七類・境港～知夫里島～西ノ島～中ノ島～島後島 | - | - |
| 320201 | 島前町村組合 | 知夫里島～西ノ島～中ノ島 | - | - |
| 330101 | 大生汽船 | 日生～鴻島～大多府島～頭島 | - | - |
| 330201 | 三洋汽船 | 笠岡～高島～白石島～北木島～真鍋島 | - | - |
| 330202 | 三洋汽船 | 真鍋島～佐柳島 | 土曜運航 | - |
| 330203 | 三洋汽船 | 笠岡～飛島～六島 | - | - |
| 330301 | 瀬戸内中央観光汽船 | 笠岡～白石島～北木島 | - | - |
| 330401 | 笠岡フェリー大福丸 | 笠岡～白石島～北木島 | - | - |
| 330501 | 牛窓町緑の村公社 | 牛窓～前島 | - | - |
| 330601 | あけぼの丸 | 宝伝～犬島 | - | - |
| 330701 | 六口丸海運 | 児島～本島 | - | ムクジマルホープ |
| 340101 | 福山市 | 鞆～仙酔島 | - | - |
| 340201 | 走島汽船 | 鞆～走島 | - | - |
| 340301 | 瀬戸内クルージング | 尾道～因島～佐木島～生口島 | - | - |
| 340302 | 瀬戸内クルージング | 尾道～鞆の浦 | 季節運航・土日祝運航 | - |
| 340401 | 備後商船 | 常石～百島～満越～向島～戸崎～尾道 | - | - |
| 340501 | おのみち渡し船 | 戸崎～歌 | 歌フェリー | - |
| 340502 | おのみち渡し船 | 尾道（土堂）～向島 | 兼吉渡し | - |
| 340503 | おのみち渡し船 | 尾道駅前～富浜 | 向島運航 | - |
| 340701 | 土生商船 | 三原～佐木島（鷺）～因島～生名島（立石） | - | - |
| 340801 | 弓場汽船 | 三原～生口島 | - | - |
| 340802 | 弓場汽船 | 須波～佐木島（向田）～生口島（沢） | - | - |
| 340803 | 弓場汽船 | 三原～須波～大久野島 | 運休中 | - |
| 340901 | しまなみ海運 | 竹原～大崎上島～大崎下島 | 運休中 | - |
| 340902 | しまなみ海運 | 大崎上島（明石）～大崎下島（小長） | - | - |
| 341001 | マルト汽船 | 三原～小佐木島～佐木島（向田）～生口島 | - | - |
| 341101 | 尾道市 | 因島（重井西）～細島 | - | - |
| 341201 | 三光汽船 | 因島（金山）～生口島（赤崎） | 土日祝運休 | - |
| 341202 | 三光汽船 | 岩城島（小漕）～生口島（洲江） | - | - |
| 341301 | 家老渡フェリー汽船 | 因島（家老渡）～弓削島（上弓削） | - | - |
| 341401 | 大三島フェリー | 忠海～大久野島～大三島（盛） | - | - |
| 341501 | 休暇村大久野島 | 忠海～大久野島 | - | - |
| 341601 | 山陽商船 | 竹原～大崎上島 | - | - |
| 341701 | 大崎汽船 | 竹原～大崎上島 | - | - |
| 341801 | 大崎上島町 | 大崎上島（白水）～生野島～契島 | - | - |
| 341901 | 契島運輸 | 竹原～契島 | 会社休日は旅客船のみ | - |
| 341902 | 契島運輸 | 大崎上島（白水）～契島 | - | - |
| 342001 | 安芸津フェリー | 安芸津～大崎上島（大西） | - | - |
| 342101 | 斎島汽船 | 大崎下島～豊島～大崎下島～斎島 | - | - |
| 342102 | 斎島汽船 | 大崎下島（久比）～三角島 | - | - |
| 342201 | 瀬戸内海汽船 | 広島～呉～松山 | スーパージェット・クルーズフェリー | - |
| 342202 | 瀬戸内海汽船 | 呉～宮島 | 季節運航 | - |
| 342301 | 瀬戸内シーライン | 広島～宮島 | - | - |
| 342302 | 瀬戸内シーライン | 広島～江田島（小用） | - | - |
| 342303 | 瀬戸内シーライン | 広島～江田島（高田・中町） | - | - |
| 342304 | 瀬戸内シーライン | 呉～江田島（小用） | - | - |
| 342305 | 瀬戸内シーライン | 広島～江田島（三高） | - | - |
| 342306 | 瀬戸内シーライン | SEA SPICA うさぎコース | - | SEA SPICA |
| 342307 | 瀬戸内シーライン | SEA SPICA しまなみコース | - | SEA SPICA |
| 342401 | 一真海運 | 阿賀～情島 | 平日・土曜運航 | - |
| 342601 | さくら海運 | 天応～江田島（切串） | - | - |
| 342701 | 上村汽船 | 広島～江田島（切串） | - | - |
| 342801 | 金輪島会 | 広島～金輪島 | - | - |
| 342901 | 似島汽船 | 広島～似島 | - | - |
| 343001 | アクアネット広島 | 平和公園～宮島 | - | - |
| 343002 | アクアネット広島 | マリーナホップ～宮島 | 運休中 | - |
| 343003 | アクアネット広島 | 宮島口～宮島 | - | - |
| 343004 | アクアネット広島 | 大野～宮島 | - | - |
| 343101 | 宮島松大汽船 | 宮島口～宮島 | - | - |
| 343201 | JR西日本宮島フェリー | 宮島口～宮島 | - | - |
| 343301 | 阿多田島汽船 | 小方～阿多田島 | - | - |
| 343401 | ひろしまリバークルーズ | 平和公園～広島駅前航路 | - | - |
| 350101 | 周防灘フェリー | 徳山～竹田津 | - | - |
| 350201 | 岩国柱島海運 | 岩国～黒島～端島～柱島 | - | - |
| 350301 | 防予フェリー | 柳井～三津浜 | - | - |
| 350401 | 周防大島松山フェリー | 柳井～周防大島（伊保田）～三津浜 | - | - |
| 350501 | 周防大島町 | 周防大島（伊保田）～情島 | 町営渡船 | - |
| 350502 | 周防大島町 | 周防大島（久賀）～前島 | 町営渡船 | - |
| 350503 | 周防大島町 | 周防大島（日前）～浮島 | 町営渡船 | - |
| 350504 | 周防大島町 | 周防大島（小松）～笠佐島 | 行政連絡船 | - |
| 350601 | 平郡航路 | 柳井～平郡島 | - | - |
| 350701 | 上関航運 | 柳井～室津～長島～祝島 | - | - |
| 350801 | 上関町 | 長島（上関）～室津～八島 | - | - |
| 350901 | 熊南総合事務組合 | 佐賀～佐合島～馬島～麻里府 | - | - |
| 351001 | 牛島海運 | 室積～牛島 | - | - |
| 351101 | 大津島巡航 | 徳山～大津島 | - | - |
| 351201 | 野島海運 | 三田尻～野島 | - | - |
| 351301 | 萩海運 | 萩～見島 | - | - |
| 351302 | 萩海運 | 萩～相島 | - | - |
| 351303 | 萩海運 | 萩～大島 | - | - |
| 351401 | 下関市 | 下関～六連島 | - | - |
| 351402 | 下関市 | 吉見～蓋井島 | - | - |
| 351501 | 萩市 | 鶴江～浜崎 | 鶴江の渡し | - |
| 360101 | オーシャントランス | 東京～徳島～新門司 | オーシャン東九フェリー | フェリーびざん, フェリーしまんと, フェリーどうご, フェリーりつりん |
| 360301 | 徳島県 | 長原～米津 | 長原渡船 | - |
| 360401 | 鳴門市 | 岡崎～土佐泊 | 岡崎渡船 | - |
| 360402 | 鳴門市 | 黒崎～高島 | 黒崎渡船 | - |
| 360403 | 鳴門市 | 堂浦～島田 | 島田渡船 | - |
| 360501 | 伊島連絡交通事業 | 答島～伊島 | - | - |
| 360604 | 出羽島連絡事業 | 牟岐～出羽島 | - | - |
| 370101 | 四国フェリー | 岡山～小豆島（土庄） | - | - |
| 370201 | 小豆島フェリー | 姫路～小豆島（福田） | - | - |
| 370202 | 小豆島フェリー | 高松～小豆島（土庄） | - | - |
| 370301 | 小豆島豊島フェリー | 宇野～豊島～小豆島（土庄） | - | - |
| 370401 | 国際両備フェリー | 高松～小豆島（池田） | - | - |
| 370402 | 国際両備フェリー | 岡山～小豆島（土庄） | - | - |
| 370501 | 四国汽船 | 高松～直島（宮浦） | - | - |
| 370502 | 四国汽船 | 宇野～直島（宮浦） | - | - |
| 370503 | 四国汽船 | 宇野～直島（本村） | - | - |
| 370504 | 四国汽船 | 直島（宮浦）～豊島（家浦）～犬島 | - | - |
| 370505 | 四国汽船 | 宇野～直島（風戸） | 徒歩乗船不可 | - |
| 370601 | 豊島フェリー | 高松～直島（本村）～豊島（家浦） | - | - |
| 370602 | 豊島フェリー | 高松～豊島（唐櫃） | 運休中 | - |
| 370701 | 雌雄島海運 | 高松～女木島～男木島 | - | - |
| 370801 | 大島青松園 | 高松～大島 | - | - |
| 370901 | 土庄町 | 小豆島（小江）～沖之島 | - | - |
| 371001 | 岬の分教場保存会 | 二十四の瞳映画村渡し船 | 季節運行 | - |
| 371101 | 川西マリンサービス | 宇野～石島 | 平日のみ・デマンド水上タクシー（要予約） | - |
| 371201 | 本島汽船 | 丸亀～牛島～本島 | - | - |
| 371301 | 備讃フェリー | 丸亀～広島～小手島～手島 | - | - |
| 371401 | たどつ汽船 | 多度津～高見島～佐柳島 | - | - |
| 371501 | 粟島汽船 | 須田～粟島～志々島～宮の下 | - | - |
| 371601 | 三豊市 | 仁尾～蔦島 | つたじま渡船・4～8月運航 | - |
| 371701 | 観音寺市 | 観音寺～伊吹島 | - | - |
| 371801 | ボートレースまるがめ | 水島港フェリー桟橋～まるがめボート | まるがめ本場ナイター開催日1往復 | - |
| 380101 | 四国開発フェリー | 東予～大阪 | - | おれんじ えひめ, おれんじ おおさか |
| 380102 | 四国開発フェリー | 新居浜～神戸 | 運航日注意 | おれんじホープ |
| 380201 | 九四オレンジフェリー | 八幡浜～臼杵 | - | おれんじ四国, おれんじ九州 |
| 380401 | 宇和島運輸 | 八幡浜～別府 | - | - |
| 380402 | 宇和島運輸 | 八幡浜～臼杵 | - | - |
| 380501 | 新居浜市 | 黒島～大島 | - | - |
| 380601 | 芸予汽船 | 今治～大島～伯方島～岩城島～佐島～弓削島～生名島～因島 | - | - |
| 380701 | 上島町 | 因島～弓削島～豊島～高井神島～魚島 | - | - |
| 380702 | 上島町 | 生名島（立石）～因島（長崎） | - | - |
| 380801 | シーセブン | 大島（宮窪）～鵜島～伯方島（尾浦） | - | - |
| 380901 | 津島渡船 | 今治～津島 | - | - |
| 381001 | 今治市 | 大島（幸）～津島 | さざなみ渡船 | - |
| 381002 | 今治市 | 今治～宗方～大下～小大下～岡村 | せきぜん渡船 | - |
| 381101 | くるしま | 波止浜～来島～小島～馬島 | - | - |
| 381201 | 大三島ブルーライン | 今治～大三島（宗方）～大崎上島（木江） | - | - |
| 381202 | 大三島ブルーライン | 大三島（宗方）～岡村島 | - | - |
| 381301 | 新喜峰 | 北条～安居島 | - | - |
| 381401 | 松山市 | 三津浜～港山 | 三津の渡し | - |
| 381402 | 松山市 | 北条～鹿島 | - | - |
| 381501 | 石崎汽船 | 松山～呉～広島 | - | - |
| 381601 | 中島汽船 | 松山～睦月島～野忽那島～中島 | - | - |
| 381602 | 中島汽船 | 松山～釣島～中島～二神島～津和地島～怒和島～中島 | - | - |
| 381701 | ごごしま | 高浜～興居島（由良） | - | - |
| 381702 | ごごしま | 高浜～興居島（泊） | - | - |
| 381801 | 青島海運 | 長浜～青島 | - | - |
| 381901 | 田中輸送 | 八幡浜～大島 | - | - |
| 382001 | 盛運汽船 | 宇和島～嘉島～戸島 | - | - |
| 382002 | 盛運汽船 | 宇和島～日振島 | - | - |
| 382003 | 盛運汽船 | 宇和島～嘉島～戸島～日振島 | 平日運航 | - |
| 382101 | 西海観光船 | 船越～鹿島 | 夏季運航 | - |
| 382201 | 瀬戸内しまなみリーディング | 能島上陸＆潮流クルーズ | 土休日運航 | - |
| 390101 | 高知県 | 長浜～種崎 | - | - |
| 390201 | 須崎市 | 埋立～坂内 | - | - |
| 390301 | 宿毛市 | 片島～鵜来島～沖の島 | - | - |
| 400101 | 東京九州フェリー | 横須賀～新門司 | - | はまゆう, それいゆ |
| 400201 | 阪九フェリー | 神戸～新門司 | - | せっつ, やまと |
| 400202 | 阪九フェリー | 泉大津～新門司 | - | いずみ, ひびき |
| 400301 | 九州郵船 | 博多～壱岐島～対馬島（厳原） | - | - |
| 400302 | 九州郵船 | 唐津東～印通寺 | - | - |
| 400303 | 九州郵船 | 博多～対馬島（比田勝） | - | - |
| 400401 | 壱岐・対馬フェリー | 福岡～壱岐島（芦辺）～対馬島（厳原） | - | - |
| 400501 | 関門汽船 | 唐戸～門司 | - | - |
| 400502 | 関門汽船 | 唐戸～巌流島 | - | - |
| 400503 | 関門汽船 | 門司港～巌流島 | - | - |
| 400601 | 北九州市 | 若松～戸畑 | - | - |
| 400602 | 北九州市 | 小倉～馬島～藍島 | - | - |
| 400701 | 宗像市 | 神湊～地島 | 地島渡船 | - |
| 400702 | 宗像市 | 神湊～大島 | 大島渡船 | - |
| 400801 | 新宮町 | 新宮～相島 | - | - |
| 400901 | 福岡市 | 博多～志賀島 | - | - |
| 400902 | 福岡市 | 博多～玄界島 | - | - |
| 400903 | 福岡市 | 姪浜～能古島 | - | - |
| 400904 | 福岡市 | 姪浜～小呂島 | - | - |
| 401001 | 糸島市 | 岐志～姫島 | - | - |
| 410101 | 佐賀玄海漁業協同組合 | 唐津～高島 | - | - |
| 410201 | 唐津汽船 | 湊～神集島 | - | - |
| 410301 | 川口汽船 | 呼子～小川島 | 小川島航路 | そよかぜ |
| 410401 | 加唐島汽船 | 呼子～加唐島 | 加唐島航路 | かから丸 |
| 410501 | 新栄 | 呼子～松島 | 松島航路 | 新栄 |
| 410601 | 郵正丸 | 呼子～名護屋～馬渡島 | 馬渡島航路 | ゆうしょう |
| 410701 | 向島汽船 | 星賀～向島 | 向島航路 | むくしま |
| 410801 | 金子廻漕店 | 浦の崎～福島 | - | - |
| 420101 | 野母商船 | 博多～宇久島～小値賀島～中通島～奈留島～福江島 | - | - |
| 420102 | 野母商船 | 長崎～伊王島～高島 | - | - |
| 420201 | 安田産業汽船 | 時津～長崎空港 | - | - |
| 420202 | 安田産業汽船 | ハウステンボス～長崎空港 | - | - |
| 420203 | 安田産業汽船 | ももち～海の中道 | - | - |
| 420204 | 安田産業汽船 | 博多ふ頭～海の中道 | - | - |
| 420301 | 対馬市 | 仁位～卯麦～佐志賀～嵯峨～貝鮒～水崎～加志々～長坂浦 | 平日運航 | - |
| 420401 | 壱岐市 | 壱岐島～原島～長島～大島 | - | - |
| 420501 | 勝本町漁業協同組合 | 壱岐島（勝本）～辰の島 | 4～11月 | - |
| 420601 | 鷹島汽船 | 今福～飛島～鷹島 | - | - |
| 420602 | 鷹島汽船 | 御厨～青島～鷹島～黒島～鷹島 | - | - |
| 420701 | 平戸市 | 平戸～田平～的山大島 | - | - |
| 420801 | 竹山運輸 | 平戸～度島 | - | - |
| 420901 | 九州商船 | 長崎～中通島（奈良尾）～奈留島～福江島 | フェリー | 椿, 万葉 |
| 420902 | 九州商船 | 長崎～中通島（奈良尾）～福江島 | ジェット船 | ぺがさす, ぺがさす2 |
| 420903 | 九州商船 | 長崎～中通島（有川） | 高速船、運休中 | シープリンセス, シーエンジェル |
| 420904 | 九州商船 | 佐世保～中通島（有川）～小値賀島～宇久島 | 高速船 | シーエンジェル, シークイーン |
| 420905 | 九州商船 | 佐世保～宇久島～小値賀島 | フェリー | いのり |
| 420906 | 九州商船 | 佐世保～中通島（有川） | フェリー | フェリーなみじ, フェリーニューこしき |
| 421001 | 崎戸商船 | 佐世保～崎戸～江島～平島～中通島（友住） | - | - |
| 421101 | 津吉商船 | 佐世保～相浦～平戸島（前津吉） | - | - |
| 421201 | 黒島旅客船 | 相浦～高島～黒島 | - | - |
| 421301 | 西海沿岸商船 | 佐世保～大島～松島～池島 | 高速船、火・金曜日以外は佐世保～大島のみ | れぴーど, Rapid Lily |
| 421302 | 西海沿岸商船 | 松島～瀬戸～池島～神浦 | フェリー | フェリー かしま |
| 421401 | 進栄丸 | 神浦～池島 | 日曜日欠航 | - |
| 421501 | 瀬川汽船 | 佐世保～横瀬西～小郡～畑下～川内 | 日曜・祝日は佐世保～横瀬西のみ | - |
| 421601 | 西海市 | 瀬戸～松島（釜浦） | - | - |
| 421701 | 江崎海陸運送 | 瀬戸～松島（吉原） | - | - |
| 421801 | 五島産業汽船 | 長崎～中通島（鯛之浦） | - | - |
| 421901 | 五島旅客船 | 若松島～中通島～奈留島～福江島 | - | - |
| 422001 | 木口汽船 | 福江島～久賀島 | - | - |
| 422002 | 木口汽船 | 福江島～椛島 | - | - |
| 422101 | 黄島海運 | 福江島～赤島～黄島 | - | - |
| 422201 | 佐世保市 | 宇久島（神浦）～寺島～小値賀島（柳） | - | - |
| 422301 | 小値賀町 | 小値賀島（柳）～納島 | - | - |
| 422302 | 小値賀町 | 小値賀島（笛吹）～大島 | - | - |
| 422303 | 小値賀町 | 小値賀島（笛吹）～六島～野崎島 | - | - |
| 422401 | 五島市 | 奈留島～前島 | - | - |
| 422501 | 嵯峨島旅客船 | 福江島（貝津）～嵯峨島 | - | - |
| 422601 | 有明海自動車航送船組合 | 長洲～多比良 | 有明フェリー | - |
| 422701 | やまさ海運 | 大牟田～島原 | 三池島原ライン、休止中 | - |
| 422801 | 九商フェリー | 熊本～島原 | - | - |
| 422901 | 島原鉄道 | 口之津～天草下島（鬼池） | - | - |
| 423001 | 対州海運 | 対馬島（厳原）～博多 | RORO船 | フェリーたいしゅう |
| 430101 | 熊本フェリー | 熊本～島原 | - | - |
| 430201 | 湯島商船 | 大矢野島（江樋戸）～湯島 | - | - |
| 430301 | 苓北観光汽船 | 下島（富岡）～茂木 | - | - |
| 430401 | 共同フェリー | 御所浦島～横浦島～上島（棚底） | - | - |
| 430402 | 共同フェリー | 御所浦島～上島（棚底）～下島（本渡） | - | - |
| 430403 | 共同フェリー | 御所浦島～横浦島（与一ヶ浦）～上島（大道） | - | - |
| 430404 | 共同フェリー | 御所浦島～横浦島（与一ヶ浦）～上島（小屋河内） | - | - |
| 430405 | 共同フェリー | 阿久根～大島 | - | - |
| 430406 | あまくさ海上タクシー協会 | 水俣～御所浦島 | 事前予約制 | - |
| 430501 | シークルーズ | 三角～前島（松島） | 天草宝島ライン | - |
| 430601 | 三和商船 | 長島（蔵之元）～下島（牛深） | - | - |
| 440101 | 国道九四フェリー | 佐賀関～三崎 | - | - |
| 440201 | 姫島村 | 伊美～姫島 | - | - |
| 440301 | 津久見市 | 津久見～保戸島 | - | - |
| 440302 | 津久見市 | 津久見～無垢島 | - | - |
| 440401 | 大入島観光フェリー | 佐伯～大入島 | - | - |
| 440501 | 豊海運 | 佐伯～大入島 | マリンバス1 | - |
| 440502 | 豊海運 | 佐伯～大入島 | マリンバス2 | - |
| 440601 | 佐伯市 | 佐伯～大島 | - | - |
| 440602 | 佐伯市 | 蒲江～屋形島～深島 | - | - |
| 440701 | 大分第一ホーバードライブ | 大分～大分空港 | - | - |
| 440801 | 黒島荘 | 佐志生～黒島 | 渡し船 | - |
| 450101 | 宮崎カーフェリー | 神戸～宮崎 | - | フェリーたかちほ, フェリーろっこう |
| 450201 | 日豊汽船 | 浦城～島浦島（中央） | - | - |
| 450202 | 日豊汽船 | 浦城～島浦島（宇治） | - | - |
| 450301 | 日南市 | 目井津～大島 | - | - |
| 450401 | 串間市観光物産協会 | 串間～幸島 | 幸島渡船、予約制 | - |
| 460101 | マルエーフェリー | 鹿児島～奄美大島～徳之島～沖永良部島～与論島～本部～那覇 | 隔日運航 | - |
| 460201 | マリックスライン | 鹿児島～奄美大島～徳之島～沖永良部島～与論島～本部～那覇 | 隔日運航 | - |
| 460301 | 奄美海運 | 鹿児島～喜界島～奄美大島～徳之島～沖永良部島 | - | - |
| 460401 | 十島村 | 鹿児島～口之島～中之島～諏訪之瀬島～平島～悪石島～小宝島～宝島～奄美大島 | 週2往復 | - |
| 460501 | 種子屋久高速船 | 鹿児島～種子島～屋久島 | - | - |
| 460601 | コスモライン | 鹿児島～種子島（西之表） | - | - |
| 460701 | 鹿商海運 | 鹿児島～種子島（西之表）～屋久島（宮之浦） | - | - |
| 460801 | 折田汽船 | 鹿児島～屋久島（宮之浦） | - | - |
| 460901 | 屋久島町 | 種子島（島間）～屋久島（宮之浦）～口永良部島 | - | - |
| 461001 | 鹿児島市船舶局 | 鹿児島～桜島港 | - | - |
| 461101 | 鴨池･垂水フェリー | 鴨池～垂水 | - | - |
| 461201 | なんきゅうドック | 山川～根占 | - | - |
| 461202 | なんきゅうドック | 鹿児島（マリンポート）～鹿屋 | 運休中 | - |
| 461301 | 三島村 | 鹿児島～竹島～硫黄島～黒島 | - | - |
| 461401 | 甑島商船 | 串木野～上甑島（里）～下甑島（長浜） | - | - |
| 461402 | 甑島商船 | 川内～上甑島（里）～下甑島（長浜） | - | - |
| 461501 | 獅子島汽船 | 水俣～獅子島（幣串） | - | - |
| 461601 | 天長フェリー | 下島（中田）～獅子島（片側）～諸浦島 | - | - |
| 461701 | 瀬戸内町 | 古仁屋～加計呂麻島（瀬相） | - | - |
| 461702 | 瀬戸内町 | 古仁屋～請島～与路島 | - | - |
| 470101 | 大東海運 | 泊～南大東～北大東 | 週1～2回往復 | - |
| 470201 | 伊平屋村 | 運天～伊平屋 | - | - |
| 470301 | 伊是名村 | 運天～伊是名村 | - | - |
| 470401 | 伊江村 | 本部～伊江島 | - | - |
| 470501 | 水納海運 | 渡久地～水納島 | - | - |
| 470601 | 粟国村 | 泊～粟国島 | - | - |
| 470701 | 久米商船 | 泊～渡名喜島～久米島 | - | - |
| 470801 | 座間味村 | 泊～阿嘉島～座間味島 | - | - |
| 470802 | 座間味村 | 座間味島～阿嘉島 | - | みつしま |
| 470803 | 座間味村 | 座間味島～渡嘉敷島 | 予約制 | みつしま |
| 470901 | 渡嘉敷村 | 泊～渡嘉敷島 | - | - |
| 471001 | 第一マリンサービス | 泊～漁～本部 | 休止中 | タクマ3（ジンベエ・マリン） |
| 471101 | 久高海運 | 安座真～久高島 | - | - |
| 471201 | 神谷観光 | 平敷屋～津堅島 | - | - |
| 471301 | 多良間海運 | 宮古島（平良）～多良間島 | 日曜日運休 | - |
| 471401 | 大神海運 | 宮古島（島尻）～大神島 | - | - |
| 471501 | 福山海運 | 石垣島～与那国島 | - | フェリーよなくに |
| 471601 | 八重山観光フェリー | 石垣島～竹富島 | - | - |
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| 471605 | 八重山観光フェリー | 石垣島～西表島（上原）～鳩間島 | - | - |
| 471701 | 安栄観光 | 石垣島～竹富島 | - | - |
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| 471705 | 安栄観光 | 石垣島～小浜島 | - | - |
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| 471901 | とかしき | 三重城～ナガンヌ島 | 予約制 | - |
| 472001 | 久米島オーシャンジェット | 本部～那覇～久米島 | - | つむぎ |